Anime ini berkisah tentang 3 orang jalanan yang pada malam Natal menemukan seorang bayi perempuan yang tergeletak di tempat pembuangan sampah. Ketiga orang tersebut adalah Hana, seroang waria yang sangat berharap bisa melahirkan anak dan menjadi ibu,. Gin lelaki paruh baya yang kerjanya hanya minum dan mabuk, dan Miyuki, gadis remaja yang kabur dari rumah. Tanpa mereka duga, disebuah malam Natal yang bagi orang-orang yang tidak punya rumah tinggal dan keluarga hanyalah malam biasa saja tetapi mereka dituntun oleh takdir untuk menemukan bayi perempuan yang terbuang dan memutuskan untuk merawat sang bayi sebelum akhirnya memutuskan untuk berusaha mencari orang tua bayi yang diberi nama Kiyoko tersebut dan mengembalikannya.
Berikut adalah kata - kata atau quotes dari anime Tokyo Godfathers :
'' Tidak ada manusia yang dapat melakukan segalanya. '' (Hana)
'' Anak adalah satu - satunya yang lebih kau sayangi dari pada hidupmu sendiri. '' (Gin)
'' Tidak ada alasan yang memperbolehkanmu menerlantarkan seorang anak !itu berarti kau telah menyepelekan cinta dan membuangnya, seperti sampah. '' (Hana)
'' Bayi adalah anugerah dari Tuhan '' (Miyuki)
'' Bahkan ayah yang tidak berguna tidak akan pernah bisa melupakan anaknya '' (Gin)